plaque PCR

Qu’est-ce qu’une plaque PCR ?

Une plaque PCR est un dispositif expérimental en plastique utilisé comme récipient de réaction lors d’expériences PCR. L’échantillon est placé dans les puits (trous) et la réaction PCR est effectuée.

Par rapport aux tubes PCR, les plaques PCR sont utilisées pour les expériences à moyenne et grande échelle avec un nombre relativement important d’échantillons. Elles sont disponibles dans une variété de tailles, de formes et de couleurs, y compris les plaques à 32 puits, 48 puits, 96 puits et 384 puits. Une autre caractéristique des plaques est qu’elles peuvent être utilisées dans des processus automatisés.

Utilisations des plaques PCR

PCR est l’acronyme de réaction en chaîne de la polymérase, une technique qui utilise l’ADN polymérase pour amplifier une séquence d’ADN cible d’une à plusieurs millions de copies en peu de temps. Plus précisément, la série de réactions 1 à 3 ci-dessous est appelée “cycles” et est répétée pendant 25 à 35 cycles.

1. Dénaturation : la matrice d’ADN double brin est chauffée pour séparer les brins d’ADN.
2. Recuit : de courtes molécules d’ADN, appelées amorces, sont attachées à des régions voisines de l’ADN cible.
3. Élongation : l’ADN polymérase synthétise le brin complémentaire de la matrice en partant de chaque amorce vers l’extrémité 3′.

En PCR, l’appareil utilisé pour contrôler automatiquement le cycle de température et le temps d’incubation est le thermocycleur. Pour sélectionner la plaque PCR appropriée, il est nécessaire de bien comprendre les spécifications du thermocycleur et de l’équipement que vous utilisez.

De plus, il existe différents types de PCR, tels que la PCR standard, la PCR à gradient et la PCR/qPCR en temps réel, et la PCR appropriée doit être sélectionnée en fonction de l’objectif. Parallèlement, il est important de préparer le matériel expérimental et les réactifs appropriés en fonction du type d’expérience.

Structure de la plaque PCR

1. Structure de la section des puits

Le polypropylène est généralement utilisé comme matériau. Le polypropylène est chimiquement inerte et peut donc supporter des changements rapides de température pendant le cycle thermique, avec une absorption minimale des composants de la réaction. Pour un transfert de chaleur efficace, les parois du tube sont uniformes et minces. Les puits sont disponibles en couleurs transparente, translucide et blanche.

Un environnement de fabrication propre est assuré pendant la production pour éviter la poussière et les impuretés telles que les endonucléases, les pyrogènes et l’ADN. En effet, si le produit est contaminé au cours de la production, des impuretés peuvent subsister et inhiber la PCR, ou des fragments d’ADN peuvent servir de matrice pour une amplification non spécifique, ce qui réduit la précision expérimentale.

2. Structure de la section de la plaque

Les plaques sont de différentes tailles : 32 puits, 48 puits, 96 puits et 384 puits. Certaines plaques de 96 puits peuvent être divisées en 24 puits chacune (rarement 8 puits ou 32 puits). Les cadres sont également disponibles en différentes couleurs, et des couleurs différentes peuvent être utilisées pour faciliter le contrôle si plusieurs plaques sont utilisées en même temps.

Les jupes sont des panneaux qui entourent la plaque et peuvent être de forme non juponnée, semi juponnée ou juponnée. La zone entourant la surface de la plaque est également appelée le tablier, qui peut être plat ou surélevé. Le traitement usiné aux coins de la plaque est appelé encoche.

L’étanchéité est assurée par des capuchons ou des films. Il est important de choisir une plaque en fonction de sa taille, du nombre d’échantillons et de la fréquence d’ouverture et de fermeture.

Comment choisir une plaque PCR

1. Section des puits

Tout d’abord, il est important de faire un choix en fonction du type d’expérience. Par exemple, les produits à puits transparents facilitent le contrôle du contenu, tandis que les produits blancs empêchent la réfraction et la diffusion de la fluorescence à l’extérieur des puits, augmentant ainsi la sensibilité de la qPCR.

Il est également important d’utiliser des puits dont le volume correspond au volume de la solution de réaction. Si le volume de la solution de réaction est trop grand, il y a un risque de transfert de chaleur inadéquat ou de fuite de la solution de réaction, tandis que si le volume de la solution de réaction est insuffisant, il peut y avoir évaporation de la solution de réaction ou perte d’échantillon. En général, les volumes des puits sont souvent de 0,2 ml ou 0,1 ml pour les plaques à 96 puits et de 0,02 ml pour les plaques à 384 puits.

Il est également important d’utiliser la bonne taille pour le thermocycleur ou tout autre équipement que vous utilisez. Il existe deux types de hauteur de puits, l’un avec une hauteur normale (profil standard) et l’autre avec une hauteur plus basse (profil bas). Les produits à profil bas sont compatibles avec les blocs thermiques Fast. Ils ont également une surface plus petite et donc une conductivité thermique plus élevée.

2. Forme de la plaque

Le choix doit être fait en fonction des spécifications du thermocycleur ou d’autres équipements à utiliser. En particulier, si l’équipement doit être automatisé à l’aide d’une plate-forme robotique, il doit être choisi en fonction de l’utilisation.

Par exemple, les plaques semi-juponnées et juponnées ont des côtés qui leur permettent d’être saisies par des pinces robotisées et, en outre, de fixer des codes-barres pour l’enregistrement et le suivi dans les expériences à haut débit. Il est également nécessaire de choisir des plaques pour l’automatisation qui sont construites avec des cadres en polycarbonate solides.

En effet, elles doivent résister aux forces exercées par la pince robotique ainsi qu’au chauffage et au refroidissement rapides. Dans ces plaques également, les sections des puits doivent être en polypropylène uniforme et fin pour un transfert de chaleur efficace vers la solution de réaction.

La conception plate est compatible avec la plupart des thermocycleurs, mais les plateaux surélevés conviennent à certains thermocycleurs et instruments. La position des encoches varie également en fonction de l’instrument utilisé.

Il existe deux types de lettrage pour indiquer l’emplacement des puits : le lettrage en relief et le lettrage gravé. Alors que les lettres en relief sont plus faciles à voir, les lettres gravées conviennent mieux à l’automatisation, car elles garantissent un scellement fiable de la périphérie.