Qu’est-ce qu’un tube PCR ?
Les tubes PCR sont des tubes en plastique spécialement conçus pour les expériences de PCR. Le matériau utilisé est généralement le polypropylène, qui est disponible dans une large gamme de tailles, de formes et de couleurs.
Utilisations des tubes PCR
Le terme PCR est l’acronyme de Réaction en Chaîne par Polymérase. Cette technique utilise l’ADN polymérase pour amplifier une séquence d’ADN cible d’une à plusieurs millions de copies en peu de temps. Plus précisément, la série de réactions 1 à 3 ci-dessous est appelée “cycles”, et 25 à 35 cycles sont répétés pour synthétiser des copies de l’ADN cible de manière exponentielle.
- Dénaturation : la matrice d’ADN double brin est chauffée pour séparer les brins d’ADN.
- Recuit : de courtes molécules d’ADN, appelées amorces, sont attachées à des régions voisines de l’ADN cible.
- Élongation : l’ADN polymérase synthétise des brins complémentaires de la matrice dans le sens 3′ en partant de chaque amorce.
Lors d’une PCR, l’appareil utilisé pour contrôler automatiquement le cycle de température et le temps d’incubation est un thermocycleur, ainsi les tubes PCR sont fabriqués pour être utilisés dans les thermocycleurs. Pour sélectionner les bons tubes PCR, il est nécessaire de bien comprendre les spécifications du thermocycleur que vous utilisez.
De plus, comme il existe différents types de PCR, tels que la PCR standard, la PCR à gradient, la PCR en temps réel et la qPCR, il est nécessaire de sélectionner la PCR appropriée à l’ objectif souhaité. Parallèlement, il est important de préparer le matériel expérimental et les réactifs appropriés en fonction du type d’expérience.
Structure des tubes PCR
Le polypropylène est généralement utilisé comme matériau. Le polypropylène est chimiquement inerte et peut supporter des changements rapides de température pendant les cycles thermiques. Les parois des tubes sont également fines et uniformes afin d’améliorer le transfert de chaleur depuis le thermocycleur.
De plus, la fabrication est minutieuse afin de garantir qu’ils sont exempts de poussière et d’impuretés telles que les endonucléases, les pyrogènes, l’ADN, les lubrifiants, les colorants, les métaux lourds et les charges. En effet, si le produit est contaminé pendant la production, des particules de poussière peuvent rester et inhiber la PCR, ou des fragments d’ADN peuvent servir de modèles pour une amplification non spécifique, ce qui réduit la précision expérimentale.
La structure se compose d’une section de tube contenant l’échantillon et d’une section de bouchon, qui peut être soit un type unique avec un tube séparé, soit une série de 8 ou 12 tubes avec plusieurs tubes.
Les bouchons peuvent être plats ou bombés et se divisent en deux types : ceux avec un bouchon par tube et ceux avec plusieurs bouchons en série et séparés du tube.
Les sections de tube sont disponibles en deux types : une avec une hauteur normale (profil standard) et une avec une hauteur plus basse (profil bas). En plus du type transparent, des tubes blancs sont également disponibles.
Comment choisir les tubes PCR ?
Il est important de choisir en fonction du type d’expérience et d’utiliser le bon tube pour le thermocycleur que vous utilisez. Par exemple, les tubes clairs (type transparent) facilitent le contrôle du contenu, tandis que les tubes blancs augmentent la sensibilité de la qPCR en empêchant la réfraction et la diffusion de la fluorescence à l’extérieur du tube.
Les bouchons bombés permettent un transfert rapide de la chaleur du thermocycleur, tandis que les bouchons plats peuvent être marqués à l’aide d’un marqueur et sont plus faciles à percer avec une aiguille lors du prélèvement de l’échantillon.
Les tubes à profil bas et à faible hauteur minimisent l’espace dans la cuve de réaction, réduisant ainsi les effets de l’évaporation et augmentant la conductivité thermique par rapport aux tubes normaux. Les tubes à profil bas sont parfois appelés tubes Fast car ils sont compatibles avec les blocs thermiques Fast.
Les tubes PCR conviennent également aux expériences de PCR à petite et moyenne échelle. Lorsque l’échelle est plus grande, les plaques PCR sont davantage appropriées.