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タンパク質立体構造情報データベースシステム PSILO
株式会社モルシス



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この製品について

概要

■PSILO (Protein SILO)

カナダ CCG社製 PSILOは、生体高分子やタンパク質-リガンド複合体構造情報のデータベースシステムです。公共データやin-houseデータなどの分散するタンパク質立体構造データを統合し、ウェブベースのインターフェースから容易にアクセスすることができます。類似ポケット検索や3D相互作用検索など、立体構造情報を用いた検索を行うことができます。 機能

■検索

・高速なテキスト検索 ・タンパク質/抗体アミノ酸配列検索 ・類似ポケット構造検索 ・3D相互作用検索 ・化合物部分構造・類似構造検索

■タンパク質立体構造の重ね合わせ

・タンパク質立体構造全体の重ね合わせ ・ポケット類似性による重ね合わせ ・リガンド構造による重ね合わせ ・重ね合わせ構造における相互作用の比較 ・重ね合わせ構造のMOEへの読み込み

■データ表示

・リガンド結合部位の2D/3D表示 ・電子密度図の描画 ・タンパク質機能部位のアノテーション ・アミノ酸配列のアノテーション

■データ更新とバージョンコントロール

・PDBデータの自動更新 ・in-houseデータの簡単な登録 ・タンパク質機能部位のアノテーション ・コメントフォーラム

  • シリーズ

    タンパク質立体構造情報データベースシステム PSILO

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タンパク質立体構造情報データベースシステム PSILO 品番1件

商品画像 品番 価格 (税抜) 動作環境 OS CPU RAM ストレージ ネットワーク環境 データベースサーバー ウェブサーバー プログラム実行環境 各種ライブラリー アプリケーション Webブラウザ

PSILO

要見積もり

64bit Linuxサーバー

Intel Xeon 3.0 GHzマルチコア 16コア

1コアあたり4GB以上、合計64GB以上

4RB以上の空き容量。RAID,LVM,ZFSなどの冗長構成。インハウスデータ、AlphaFoldデータを入れる場合は相応の追加ストレージが必要。SSDを推奨。

高速かつ高信頼性のネットワーク環境および、FTPによるPDBデータのダウンロード環境

MySQL 8.0.16

Apache 2.4.46以上、またはPHP 7ドキュメント対応のウェブサーバー。

PHP 7.3.3以降

libcurl/libxml2/OpenLDAP/OpenSSL/
Zlib/JSMol 14.30.00/NGL Viewer 2.0.0-dev37/JQuery 1.10/ 他

MOE/batch 1トークン以上

Chrome、Edge、Firefox、Safariなど
(HTML5/CSS3に対応したもの)

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この商品の取り扱い会社情報

会社概要

株式会社モルシスは、計算化学および情報科学に基づくパッケージソフトウェアや研究データ管理システムの販売、導入支援、技術サポートを行っています。生命科学と材料科学の基礎研究分野で、ユニークなソリューションと多彩なサービスを...

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  • 本社所在地: 東京都
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