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分子動力学 生体分子系のシミュレーションのためのプログラム群 Amber-Amber
分子動力学 生体分子系のシミュレーションのためのプログラム群 Amber-HPCシステムズ株式会社

分子動力学 生体分子系のシミュレーションのためのプログラム群 Amber
HPCシステムズ株式会社

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■製品概要

Amberは米カリフォルニア大学のP. A. Kollmanらのグループにより開発された、生体分子の分子動力学 (MD) 計算のための力場群であり、またこれらの力場をシミュレーションするためのMDプログラム群です。現在は、米ラトガース大学のD. A. Caseらによるグループにより維持・管理されています。 プログラム群は、入力準備プログラム・シミュレーションプログラム・結果解析プログラムに大別されます。GPUのみならず、最新Xeon Phiプロセッサーにも最適化されたAmber16が2016年4月にリリースされました。

■特長

溶媒理論3D-RISMとハミルトニアンレプリカ交換法が実装されたことで、計算の精密さが増し、かつより大規模な系での計算が可能となりました。また、構造立脚型の創薬に用いられています。細胞内の環境を再現し、結合自由エネルギーを定量的に求めることができます。GAUSSIANとの連携も可能です。

■Amberの基本機能

・自由エネルギー摂動法や熱力学的積分法などによる自由エネルギー計算 ・溶媒中での自由エネルギー計算 ・エネルギー極小化計算 ・MDシミュレーション ・原子間距離や角度の算出 ・温度因子 (B-factor) の算出 ・構造変化や構造の揺らぎをみる根平均2乗偏差 (RMSd) の算出

■Amber12の新機能

・様々な力場に対応 ・溶媒和自由エネルギーの計算の精度が向上 ・サンプリング効率が向上 ・更新手続きが簡単に ・量子計算との連携が密に ・CPU版とGPU版両方のpmemdへのsander搭載機能の実装 ・ハミルトニアンモデルを変更する自由エネルギー計算がより高精度に ・実験情報を用いたシミュレーション

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    分子動力学 生体分子系のシミュレーションのためのプログラム群 Amber

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