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株式会社モルシスの対応状況

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動作環境 OS

64bit Linuxサーバー

CPU

Intel Xeon 3.0 GHzマルチコア 16コア

RAM

1コアあたり4GB以上、合計64GB以上

ストレージ

4RB以上の空き容量。RAID,LVM,ZFSなどの冗長構成。インハウスデータ、AlphaFoldデータを入れる場合は相応の追加ストレージが必要。SSDを推奨。

ネットワーク環境

高速かつ高信頼性のネットワーク環境および、FTPによるPDBデータのダウンロード環境

データベースサーバー

MySQL 8.0.16

ウェブサーバー

Apache 2.4.46以上、またはPHP 7ドキュメント対応のウェブサーバー。

プログラム実行環境

PHP 7.3.3以降

各種ライブラリー

libcurl/libxml2/OpenLDAP/OpenSSL/ Zlib/JSMol 14.30.00/NGL Viewer 2.0.0-dev37/JQuery 1.10/ 他

アプリケーション

MOE/batch 1トークン以上

Webブラウザ

Chrome、Edge、Firefox、Safariなど (HTML5/CSS3に対応したもの)

この製品について

概要

■PSILO (Protein SILO)

カナダ CCG社製 PSILOは、タンパク質、核酸、タンパク質-リガンド複合体などの生体高分子の立体構造情報を管理するデータベースシステムです。分散する公共データやインハウスデータなどを統合・整理して、多様な条件で検索可能にすることで、研究者間の情報共有を支援します。ユーザーは、データの検索、閲覧、登録、管理などの操作をウェブブラウザから簡単に行えます。 機能

■検索

・高速なテキスト検索 ・タンパク質/抗体アミノ酸配列検索 ・類似ポケット構造検索 ・3D相互作用検索 ・化合物部分構造・類似構造検索

■タンパク質立体構造の重ね合わせ

・タンパク質立体構造全体の重ね合わせ ・ポケット類似性による重ね合わせ ・リガンド構造による重ね合わせ ・重ね合わせ構造における相互作用の比較 ・重ね合わせ構造のMOEへの読み込み

■データ表示

・リガンド結合部位の2D/3D表示 ・電子密度図の描画 ・タンパク質機能部位のアノテーション ・アミノ酸配列のアノテーション

■データ更新とバージョンコントロール

・PDBデータの自動更新 ・in-houseデータの簡単な登録 ・タンパク質機能部位のアノテーション ・コメントフォーラム

  • 型番

    PSILO

企業レビュー

レビューは全てメトリー経由で実際に見積もりをしたユーザーによるものです

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評判が良い

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2025年9月24日にレビュー

とても速やかな対応であり、問い合わせを行ったソフトウェアの利用料金に関して的確な回答がありました。満足しております。

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タンパク質立体構造情報データベースシステム PSILO PSILOの性能表

商品画像 価格 (税抜) 動作環境 OS CPU RAM ストレージ ネットワーク環境 データベースサーバー ウェブサーバー プログラム実行環境 各種ライブラリー アプリケーション Webブラウザ
要見積もり 64bit Linuxサーバー Intel Xeon 3.0 GHzマルチコア 16コア 1コアあたり4GB以上、合計64GB以上 4RB以上の空き容量。RAID,LVM,ZFSなどの冗長構成。インハウスデータ、AlphaFoldデータを入れる場合は相応の追加ストレージが必要。SSDを推奨。 高速かつ高信頼性のネットワーク環境および、FTPによるPDBデータのダウンロード環境 MySQL 8.0.16 Apache 2.4.46以上、またはPHP 7ドキュメント対応のウェブサーバー。 PHP 7.3.3以降 libcurl/libxml2/OpenLDAP/OpenSSL/
Zlib/JSMol 14.30.00/NGL Viewer 2.0.0-dev37/JQuery 1.10/ 他
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使用用途

#データ可視化 #機械学習 #構造解析 #材料解析 #数理最適化 #生体シミュレーション #分子設計 #並列計算 #流体解析

計算対象

連続体系 離散体系 量子系 化学反応系

RAM

4GB以上 64GB以上

ストレージ GB

0 - 10 10 - 100 100 - 200

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4.0

会社概要

株式会社モルシスは、計算化学および情報科学に基づくパッケージソフトウェアや研究データ管理システムの販売、導入支援、技術サポートを行っています。生命科学と材料科学の基礎研究分野で、ユニークなソリューションと多彩なサービスを...

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  • 本社所在地: 東京都

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