PSILO | タンパク質立体構造情報データベースシステム PSILO
株式会社モルシス

全型番で同じ値の指標

動作環境 OS

64bit Linuxサーバー

CPU

Intel Xeon 3.0 GHzマルチコア 16コア

RAM

1コアあたり4GB以上、合計64GB以上

ストレージ

4RB以上の空き容量。RAID,LVM,ZFSなどの冗長構成。インハウスデータ、AlphaFoldデータを入れる場合は相応の追加ストレージが必要。SSDを推奨。

ネットワーク環境

高速かつ高信頼性のネットワーク環境および、FTPによるPDBデータのダウンロード環境

データベースサーバー

MySQL 8.0.16

ウェブサーバー

Apache 2.4.46以上、またはPHP 7ドキュメント対応のウェブサーバー。

プログラム実行環境

PHP 7.3.3以降

各種ライブラリー

libcurl/libxml2/OpenLDAP/OpenSSL/ Zlib/JSMol 14.30.00/NGL Viewer 2.0.0-dev37/JQuery 1.10/ 他

アプリケーション

MOE/batch 1トークン以上

Webブラウザ

Chrome、Edge、Firefox、Safariなど (HTML5/CSS3に対応したもの)

全1種類の型番を一覧でみる

この製品について

概要
■PSILO (Protein SILO) カナダ CCG社製 PSILOは、生体高分子やタンパク質-リガンド複合体構造情報のデータベースシステムです。公共データやin-houseデータなどの分散するタンパク質立体構造データを統合し、ウェブベースのインターフェースから容易にアクセスすることができます。類似ポケット検索や3D相互作用検索など、立体構造情報を用いた検索を行うことができます。

機能 
■検索・高速なテキスト検索
・タンパク質/抗体アミノ酸配列検索
・類似ポケット構造検索
・3D相互作用検索
・化合物部分構造・類似構造検索

■タンパク質立体構造の重ね合わせ・タンパク質立体構造全体の重ね合わせ
・ポケット類似性による重ね合わせ
・リガンド構造による重ね合わせ
・重ね合わせ構造における相互作用の比較
・重ね合わせ構造のMOEへの読み込み

■データ表示・リガンド結合部位の2D/3D表示
・電子密度図の描画
・タンパク質機能部位のアノテーション
・アミノ酸配列のアノテーション

■データ更新とバージョンコントロール・PDBデータの自動更新
・in-houseデータの簡単な登録
・タンパク質機能部位のアノテーション
・コメントフォーラム

型番
PSILO

シリーズ
タンパク質立体構造情報データベースシステム PSILO

取扱企業
株式会社モルシス

カテゴリ

業務効率化システム・ソフトウェア

計算科学ソフトウェア

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タンパク質立体構造情報データベースシステム PSILO PSILOの性能表

商品画像	価格 (税抜)	動作環境 OS	CPU	RAM	ストレージ	ネットワーク環境	データベースサーバー	ウェブサーバー	プログラム実行環境	各種ライブラリー	アプリケーション	Webブラウザ
	要見積もり	64bit Linuxサーバー	Intel Xeon 3.0 GHzマルチコア 16コア	1コアあたり4GB以上、合計64GB以上	4RB以上の空き容量。RAID,LVM,ZFSなどの冗長構成。インハウスデータ、AlphaFoldデータを入れる場合は相応の追加ストレージが必要。SSDを推奨。	高速かつ高信頼性のネットワーク環境および、FTPによるPDBデータのダウンロード環境	MySQL 8.0.16	Apache 2.4.46以上、またはPHP 7ドキュメント対応のウェブサーバー。	PHP 7.3.3以降	libcurl/libxml2/OpenLDAP/OpenSSL/ Zlib/JSMol 14.30.00/NGL Viewer 2.0.0-dev37/JQuery 1.10/ 他	MOE/batch 1トークン以上	Chrome、Edge、Firefox、Safariなど (HTML5/CSS3に対応したもの)