Was ist PCR-Röhrchen?
PCR-Röhrchen sind Kunststoffröhrchen, die speziell für die Verwendung in PCR-Experimenten hergestellt werden. Das verwendete Material ist in der Regel Polypropylen, das in einer Vielzahl von Größen, Formen und Farben erhältlich ist.
Verwendung von PCR-Röhrchen
PCR ist die Abkürzung für Polymerase-Kettenreaktion, eine Technik, bei der eine DNA-Polymerase verwendet wird, um eine Ziel-DNA-Sequenz in kurzer Zeit von einer auf mehrere Millionen Kopien zu amplifizieren. Die folgenden Reaktionsreihen 1-3 werden als “Zyklen” bezeichnet, und 25-35 Zyklen werden wiederholt, um Kopien der Ziel-DNA in exponentieller Weise zu synthetisieren.
- Denaturierung: Die doppelsträngige DNA-Vorlage wird erhitzt, um die DNA-Stränge zu trennen
- Annealing: Kurze DNA-Moleküle, so genannte Primer, werden an benachbarte Regionen der Ziel-DNA angehängt
- Elongation: Die DNA-Polymerase synthetisiert komplementäre Stränge der Vorlage in Richtung des 3′-Endes, ausgehend von jedem Primer
Bei der PCR wird für die automatische Steuerung des Temperaturzyklus und der Inkubationszeit ein Thermocycler verwendet; PCR-Röhrchen werden für die Verwendung in Thermocyclern hergestellt. Um die richtigen PCR-Röhrchen auszuwählen, müssen Sie die Spezifikationen des von Ihnen verwendeten Thermocyclers genau kennen.
Da es verschiedene Arten von PCR gibt, wie z. B. Standard-PCR, Gradienten-PCR, Echtzeit-PCR und qPCR, ist es außerdem erforderlich, die für Ihren Zweck geeignete PCR auszuwählen. Gleichzeitig ist es wichtig, je nach Art des Experiments die entsprechenden Geräte und Reagenzien vorzubereiten.
Aufbau von PCR-Röhrchen
In der Regel wird Polypropylen als Material verwendet. Polypropylen ist chemisch inert und widersteht schnellen Temperaturschwankungen während der thermischen Zyklen. Die Gefäßwände sind dünn und gleichmäßig, um die Wärmeübertragung vom Thermocycler zu verbessern.
Außerdem werden sie mit großer Sorgfalt hergestellt, um sicherzustellen, dass sie frei von Staub und Verunreinigungen wie Endonukleasen, Pyrogenen, DNA, Schmiermitteln, Farbstoffen, Schwermetallen und Füllstoffen sind. Denn wenn das Produkt bei der Herstellung verunreinigt wird, können Staubpartikel zurückbleiben und die PCR hemmen, oder DNA-Fragmente können als Vorlagen für eine unspezifische Amplifikation dienen, was zu einer geringeren experimentellen Genauigkeit führt.
Die Struktur besteht aus einem Röhrchenteil, der die Probe enthält, und einem Verschlussteil, bei dem es sich entweder um einen einzelnen Typ mit einem separaten Röhrchen oder um eine Serie von 8 oder 12 Röhrchen mit mehreren Röhrchen handeln kann.
Die Kappen können flach oder gewölbt sein und lassen sich in zwei Typen unterteilen: solche mit einer Kappe pro Röhrchen und solche mit einer Reihe von Kappen, die vom Röhrchen getrennt sind.
Es gibt zwei Arten von Röhrchenabschnitten: einen mit normaler Höhe (Standardprofil) und einen mit geringerer Höhe (Niedrigprofil). Neben dem durchsichtigen, klaren Typ sind auch weiße Röhrchen erhältlich.
Wie wählt man PCR-Röhrchen aus?
Es ist wichtig, die Gefäße entsprechend der Art des Experiments auszuwählen und das richtige Gefäß für den verwendeten Thermocycler zu verwenden. Klare Gefäße (transparente Gefäße) erleichtern beispielsweise die Kontrolle des Inhalts, während weiße Gefäße die Empfindlichkeit der qPCR erhöhen, indem sie verhindern, dass sich die Fluoreszenz bricht und aus dem Gefäß heraus diffundiert.
Gewölbte Kappen ermöglichen eine schnelle Wärmeübertragung vom Thermocycler, während flache Kappen mit einem Marker beschriftet werden können und sich bei der Probenentnahme leichter mit einer Nadel durchstechen lassen.
Röhrchen mit niedrigem Profil und geringer Höhe minimieren den Raum im Reaktionsgefäß, wodurch die Auswirkungen der Verdunstung verringert und die Wärmeleitfähigkeit im Vergleich zu normalen Röhrchen erhöht werden. Low-Profile-Gefäße werden manchmal auch als Fast-Gefäße bezeichnet, da sie mit Fast-Thermoblöcken kompatibel sind.
PCR-Röhrchen eignen sich auch für PCR-Experimente in kleinem bis mittlerem Maßstab; bei größeren Versuchsanordnungen sind PCR-Platten angebracht.